他们两个返回后发现黑魔标记出现在霍格沃茨魔法学校，这表示食死徒来到了霍格沃茨魔法学校并与教职员和学生发生了战斗。邓布利多释放咒语令藏在隐形衣下的哈利僵住。这之后，哈利便在别人看不到他的情况下目睹了一系列大事：德拉科·马尔福到来并且表示是他用魔法橱柜把食死徒带进了学校。后来更多的食死徒赶到现场，催促德拉科·马尔福完成任务。但是，德拉科·马尔福面对邓布利多显得十分犹豫。此时，西弗勒斯·斯内普来了，他用“阿瓦达索命”这句咒语杀了邓布利多，履行了他和德拉科·马尔福的妈妈的誓言。后来，哈利一路追击西弗勒斯·斯内普（同时说出自己就是“混血王子”，并早已发现哈利得到了自己以前的这本魔药书）和德拉科·马尔福，但是他们仍然逃出了霍格沃茨魔法学校。
麦格教授成为了霍格沃茨魔法学校的临时校长，但是学校很可能将会因为不安全而被关闭。哈利发现他和邓布利多辛苦得到的斯莱特林小金匣是假的，真的挂坠盒被一个署名为R.A.B.的神秘人物取走。在邓布利多的葬礼结束之后，哈利决定无论怎样他都不回学校继续学习，而是去投身于毁掉伏地魔的所有魂器，并且立志最终敏及罗恩也表示他们会跟哈利一起执行这使命。
哈利波特6的结局是哈利波特和他的朋友们继续在霍格沃茨魔法学校学习，并与邓布利多校长一起研究如何摧毁分霸的其中一颗魂器。
他们还揭示了马尔福家族与伏地魔的关系，并发现了一个潜伏在霍格沃茨内部的间谍。
最后，他们在一次冒险中成功摧毁了一颗魂器，但也付出了重价，邓布利多校长被杀害。这个结局为哈利波特系列小说的最后一本书-哈利波特与死亡圣器做了铺垫。